Unit Agama merupakan entiti asal yang ditubuhkan pada 3hb Mac 1971 dan diletakkan di bawah Bahagian Hal Ehwal Pelajar. Ia ditubuhkan dengan tujuan membantu para pelajar melengkapkan diri dengan pengetahuan asas agama, di samping menyelesaikan masalah agama yang sentiasa berbangkit di kalangan pelajar. Mulai Februari 1998 Unit Agama di beri nama baru dan dikembangkan kepada Unit Kemajuan Islam, Unit Latihan & Pembangunan Insan dan Unit Penerbitan. Ia diletakkan di bawah Pusat Khidmat Islam Bersepadu (PKIB) yang berpejabat di Pusat Islam UiTM.

Peranan dan fungsinya diperluaskan termasuk khidmat penyebaran kefahaman agama di kalangan staf di samping tugas hakikinya untuk para pelajar. Pada Januari 2001 ia dikembalikan semula ke fungsi asalnya di bawah Bahagian Hal Ehwal Pelajar dan dinamakan semula sebagai Unit Agama. Mulai Mei 2002 ia dirombak semula dan diberi nama baru iaitu Centre for Islamic Thought and Understanding (CITU).

Oleh kerana peranan dan fungsinya amat diperlukan oleh Bahagian Hal Ehwal Pelajar maka mulai awal Januari 2003 ia diletakkan semula di bawah Bahagian Hal Ehwal Pelajar dengan nama Pusat Khidmat Nasihat Agama. Pada 13 Januari 2004 Pusat Khidmat Nasihat Agama digabungkan dengan Pusat Pendidikan Islam dan diletakkan di bawah naungan Centre for Islamic Thought and Understanding (CITU) dan diberi nama baru sebagai Jabatan Kemajuan Islam (JKI). Kemudian CITU dinaiktaraf kepada Academy of Contemporary Islamic Studies (ACIS) setelah diluluskan oleh Jabatan Pengajian Tinggi Kementerian Pengajian Tinggi Malaysia (JPT, KPTM) mulai Disember 2012. Manakala Jabatan Kemajuan Islam mula dikenali sebagai bahagian Hal Ehwal Islam.

Terkini, mulai bulan Januari 2018 sekali lagi berlaku perubahan besar di mana Hal Ehwal Islam di Kampus Cawangan diletakkan pula di bawah pengurusan Pejabat Rektor dan diselaraskan dengan nama Unit Hal Ehwal Islam (UHEI). Kakitangannya terdiri daripada Pegawai Hal Ehwal Islam, Penolong Pegawai Hal Ehwal Islam (Imam) dan Pembantu Hal Ehwal Islam (Bilal).