Unit Agama ditubuhkan bersama dengan penubuhan UiTMCT Kampus Kuala Terengganu dan kemudiannya nama Unit Agama ditukarkan kepada CITU Hal Ehwal Islam di bawah Pusat Pemikiran dan Kefahaman Islam (CITU).

1. Pada tarikh 21 Mei 2013, Centre for Islamic Thought and Understanding, telah di naik taraf kepada Academy of Contemporary Islamic Studies (ACIS), sejajar dengan perkembangan ini, CITU Hal Ehwal Islam turut diangkat menjadi Bahagian Hal Ehwal Islam di bawah naungan ACIS. Namun, kini dipanggil nama Unit Hal Ehwal Islam (UHEI) dan bukan lagi dibawah Akademi Pengajian Islam Kontemporari (ACIS).
2. Pengurusan UHEI kini terus di bawah naungan Rektor (Kampus Induk) dan Penolong Rektor (Kampus Cawangan) Lokasi Pejabat Unit Hal Ehwal Islam terletak di Bangunan Pentadbiran, UiTM Cawangan Terengganu Kampus Kuala Terengganu.
3. Unit Hal Ehwal Islam (UHEI) bertanggungjawab merancang, melaksana, menyelia serta memantau segala program dan aktiviti kerohanian di UiTM selaras dengan aliran Ahli Sunnah Wal Jamaah yang menjadi teras pegangan aqidah di Malaysia.
   
   Bahagian ini terbahagi kepada tiga unit:
   
   1. Unit Pengurusan & Imarah Masjid/Surau
   2. Unit Bimbingan & Pendidikan
   3. Unit Dakwah & Khidmat Komuniti